Sekretariat Daerah Kabupaten Pacitan Provinsi Jawa Timur dibentuk berdasarkan Peraturan Bupati Kabupaten Pacitan Nomor 130 Tahun 2021 tentang Kedudukan, Tugas dan Fungsi, Susunan Organisasi, Serta Tata Kerja Sekretariat daerah Kabupaten Pacitan yang merupakan pelaksanaan dari ketentuan Pasal 4 ayat (1) Peraturan Daerah Nomor 4 tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Pacitan sebagaimana telah beberapa kali diubah terakhir dengan Peraturan daerah Nomor 9 Tahun 2021, kedudukan, susunan organisasi, tugas dan fungsi, serta tata kerja Perangkat Daerah diatur lebih lanjut dengan Peraturan Bupati.